Fakulta rybářství a ochrany vod je nejmenší a nejmladší fakultou Jihočeské univerzity. Zároveň je svým zaměřením jedinou ve střední Evropě. Fakultu tvoří Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický ve Vodňanech, Ústav akvakultury a ochrany vod v Českých Budějovicích a Ústav komplexních systémů v Nových Hradech. Vědeckou činnost fakulty zastřešuje Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (CENAKVA).